IVAO cuenta con varios departamentos, los cuales están encabezados por un Director de Departamento, el cual es designado por el Comité Ejecutivo (EXEC). Este Director de Departamento puede contar con asistentes, o asesores especializados.
Los Departamentos administran todas las tareas que afectan a la red de forma global, como lo son los Estándares para Instrucción, Bases de Datos centrales, Infraestructura de la Red, y Software. Algunos departamentos, además pueden cubrir áreas donde no exista una División Activa.
Los Departamentos que actualmente se encuentran activos son:
* IVAO-TD, Director de Instrucción
* IVAO-TAD, Asistente Director de Instrucción
* IVAO-HTM, Administrador Instrucción HAL
* IVAO-HTAM, Asistente Administrador Instrucción HAL
* IVAO-HPM, Administrador Pilotos HQ
* IVAO-HPAM, Asistente Administrador Pilotos HQ
* IVAO-TDM, Administrador Documentación Instrucción
* IVAO-TDAM, Asistente Administrador Documentación Instrucción
* IVAO-MD, Director de Miembros
* IVAO-MAD, Asistente Director de Miembros
* IVAO-PRD, Director de Relaciones Publicas
* IVAO-PRAD, Asistente Director de Relaciones Publicas
* IVAO-AOD, Director de Operaciones ATC
* IVAO-AOAD, Asistente Director de Operaciones ATC
* IVAO-FOD, Director de Operaciones de Vuelo
* IVAO-FOAD, Asistente Director de Operaciones de Vuelo
* IVAO-SOD, Director de Operaciones Especiales
* IVAO-SOAD, Asistente Director de Operaciones Especiales
* IVAO-ED, Director de Eventos
* IVAO-EAD, Asistente Director de Eventos
* IVAO-WTD, Director de Tours Mundiales
* IVAO-WTAD, Asistente Director de Tours Mundiales
* IVAO-DOD, Director de Desarrollo
* IVAO-WTAD, Asistente Director de Desarrollo
* IVAO-FA, Administrador del Foro IVAO